Kako mu je sin Radovan umro još za njegova života, kralja Zvomimira naslijedio je 1089. Stjepan II., i to zahvaljujući tada jačoj političkoj stranci. Naime, Hrvatska se nakon Zvonimirove smrti podijelila u dvije stranke: prva i jača stranka stala je uz Stjepana II., posljednjeg Trpimirovića i sinovca kralja Petra Krešimira IV., a druga stranka opredijelila se za kraljicu Jelenu, ženu kralja Zvonimira koja je svojatala hrvatsku krunu, jer po njoj navodno "nije bilo više nikoga od kraljevskog roda".

    Stjepan II. je prije nego što je postao kraljem živio u samostanu sv. Stjepana kod Splita, u koji je došao kako bi u Božjem miru dočekao svoje posljednje dane. U svojoj darovnici iz god. 1078. Stjepan piše: "Ja Stjepan, nekad svijetli herceg Hrvata, shrvan teškom bolešću dozvah k sebi časne svećenike hrvatskoga kraljevstva da mi nađu lijeka za moje grijehe. Po njihovu savjetu pobrinuh se, te se dadoh prenijeti u samostan sv. Stjepana. Tu se odrekoh svih svojih časti i odabrah grobnicu, preporučivši se glavaru samostana da me spominje u svojim molitvama."

    Nakon povlačenja Stjepana II. u samostan, za njega se više nije čulo sve do Zvonimirove smrti 1089., kada ga je hrvatski narod doslovno izvukao iz samostana, te ga proglasio i svečano okrunio za hrvatskog kralja.

    Stjepan II. nazivao se poput svojih prethodnika "Božjom milošću kralj Hrvata i Dalmatinaca". Oko njega se je okupilo visoko svećenstvo i velika većina hrvatskih velikaša i plemića, što dokazuje da je cijela hrvatska država bila u njegovoj vlasti.

    Kralj Stjepan II. vladao je samo dvije godine, i to kao razborit i odlučan vladar koji je uspješno riješio neke goruće probleme ondašnjeg hrvatskog političkog života. Odmah nakon njegove smrti početkom god. 1091. nastali su veliki neredi u Hrvatskoj, pa je tako smrt posljednjeg Trpimirovića imala kobne posljedice za hrvatski narod i hrvatsku državu. Naime, žena kralja Zvonimira Jelena, uspjela je uz pomoć svojih "igrača" ostvariti svoju želju da hrvatskim vladarom postane njen brat, ugarski kralj Ladislav.

Napomena: Povjesničar Nikola Tomašić je kasnije ustanovio da su bile krive pretpostavke nekih povjesničara, da je Stjepan II. bio slaba zdravlja i da je svojom voljom otišao u samostan. Naime, Stjepan II. bio je prisilno interniran u samostan gdje je živio kao laik 15 godina.